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中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。现有正高级人员115人，研究生导师183人。拥有院士1人，973计划或国家重点研发任务项目首席科学家20人，国家杰出青年科学基金获得者13人。国家基金重大项目2个、创新群体1个，拥有海洋科学、环境科学与工程一级学科博士学位授予点和博士后科研流动站。重点学科领域有热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。2025年，中国科学院南海海洋研究所牵头申报并承担建设的首个海陆结合的国家重大科技基础设施“冷泉生态系统研究装置”项目在广州南沙全面启动建设，该装置将实现我国深海长周期载人驻留实验装备的工程化应用和相关产业的发展，推动我国的深海工程技术及装备在国际上实现从“跟跑”到“领跑”的超越。